Dieser Streit dauert bereits seit Jahren. Nachdem im Juni 2009 das Gericht der südosttürkischen Kreisstadt Midiyat nahe Mardin die Klage des türkischen Schatzamtes auf die Ländereien des Klosters zurückgewiesen hat, ging der Fall an das Berufungsgericht in Ankara. Ein zweiter Prozess steht um einen Staatsschutz sowie ein dritter Prozess, bei dem es um ein Landstück geht, das über viele Jahre nicht mehr bewirtschaftet werden konnte, weil so viele syrisch-orthodoxe Christen die Region verließen und meist ins Ausland gingen. Hier behauptet das türkische Forstministerium, dieses Landstück sei Wald, der in der Türkei nicht Privateigentum sein kann. Darum soll auch dieses Stück Land Staatseigentum sein.
Landvermessungsarbeiten zur Erstellung von Grundbüchern nach den Vorgaben der Europäischen Union hatten vor drei Jahren eine ganze Reihe von Streitigkeiten zwischen dem Kloster, den umliegenden Dörfern und den türkischen Behörden ausgelöst. Einige Verfahren gewann das Kloster, in anderen unterlag es, schreibt Radio Vatikan. In Deutschland sorgten diese Prozessse für Aufsehen. Politiker und Unterstützergrupopen des Klostes sehen dadurch die Religionsfreiheit der Christen in der Türkei gefährdet und die Bemühungen einer Wiederbelebung der aramäischen Kultur würden einen schweren Rückschlag erleiden. Mardin und Umgebung gilt als einer der seltenen Orte der Welt, an dem eine über die Jahrhunderte gewachsene religiöse Vielfalt friedlich miteinander lebt.
Sollte das Kloster auch die nächsten Prozesse verlieren, hätte es noch immer die Möglichkeit, den Europäischen Menschengerichtshof anzurufen. Auch hier wäre der Ausgang noch ungewiss, da dann Beweise für die jeweiligen Positionen vorgelegt werden müssten.